持续在世界各地进行修业之旅的小智、小刚和小光，历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝。紧张的战斗与快乐的游玩使他们未察觉危险正悄悄逼近。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所有人讨厌，但是它似乎想将某种危险的信息及时传给小智一行，关于时空之塔的秘密即将揭开…… ...