在这世界上，即将诞生一只传说中的神奇宝贝。以广大的海洋为舞台，神奇宝贝史上最大的任务即将开始！在荒地迷路的小智一行人遇到了一位女性“广美”，以水中神奇宝贝表演而出名的码头巡回团明星。广美是水之民的后裔，可以体会水系神奇宝贝的内心。小智等人便听广美诉说着水之民流传已久的传说。原来在海洋某处，水之民一族建造了“海之神殿-亚库夏”，里面供奉隐藏着珍宝“海之王冠”。