小智、天桐、艾莉丝带着各自的小伙伴、来到了美丽的山中小镇艾茵多奥克，在比赛的时候，小智多次得到一个神秘的小家伙的帮助。这引起了美丽女孩卡莉塔的注意，那个帮助了小智的家伙就是传说中的神奇宝贝比克提尼。早在一千多年前，艾茵多奥克所在的土地上有一个美丽富饶的大地之乡，可是两个王子的争斗破坏了这个国家的宁静。作为古国的后裔，卡莉塔的哥哥德雷多决定依靠比克提尼重建大地之乡。